เมื่อท่าเรือแหลมฉบังเริ่มเปิดดำเนินการในปีพุทธศักราช 2534 ด่านศุลกากรแหลมฉบังได้ถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อรองรับการให้บริการด้านพิธีการศุลกากร และการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศ สำหรับท่าเรือน้ำลึกอันดับหนึ่งของประเทศไทย โดยมีเป้าหมายเพื่อแบ่งเบาและลดความแออัดของท่าเรือกรุงเทพ ประกอบกับเป็นท่าเรือที่มีความพร้อมสามารถรองรับการเจริญเติบโตและการขยายตัวทางเศรษฐกิจได้เป็นอย่างดี เนื่องจากท่าเรือแหลมฉบังอยู่ในทำเลที่ตั้งที่มีความพร้อม มีศักยภาพในการเป็นศูนย์กลางของระบบโลจิสติกส์และการขนส่งต่อเนื่องหลายรูปแบบ

จนกระทั่งปีพุทธศักราช 2545 ด่านศุลกากรแหลมฉบังได้ถูกยกระดับขึ้นเป็นสำนักงานศุลกากรท่าเรือแหลมฉบัง หรือ สทบ. เพื่อรองรับการเจริญเติบโตของเศรษฐกิจที่ดำเนินไปอย่างรวดเร็ว

สทบ. มีหน้าที่กำกับดูแลทำเนียบท่าเรือทั้งภายใน และ ภายนอกเขตท่าเรือแหลมฉบัง ที่ทอดเรือภายนอกเกาะสีชัง เขตปลอดอากร นิคมอุตสาหกรรม และคลังสินค้าทัณฑ์บน ในเขตพื้นที่จังหวัดชลบุรี ยกเว้นอำเภอสัตหีบ

กำกับดูแล

• ท่าเอกชนในเขตท่าเรือแหลมฉบัง จำนวน 14 ท่า
• ท่าเรือเอกชนนอกเขตทำเนียบท่าเรือ จำนวน 2 ท่า
• คลังสินค้าอันตราย 1 แห่ง
• คลังสินค้าทัณฑ์บน 13 แห่ง
• เขตประกอบการเสรี 2 แห่ง
• เขตปลอดอากร (184/185) จำนวน 30/67 แห่ง
• ที่ทอดเรือภายนอกเกาะสีชัง